故事背景：
“天磐户三日”事件过去10年，在当时引发的一系列骚动完全平息并且渐渐被世人遗忘。然而，在繁华的东京都之中，却渐渐扩散开这样的传言——在东京的里侧，存在着与东京都相似而又完全不同的世界，那是一个超越了常识而难以想象，也是普通人难以企及的世界。……然而，只有少部分的人知道……这并不是传言，里•东京都并不是妄言，而那些人亦是那个世界的居民——超越者。
“天磐户三日”事件：
10年前的10月1日，也就是2004年10月1日，在世界各地任何科研机构都没有预料到的情况下，一块巨大的陨石坠落在太平洋海域，整个天地顿时被陨石坠落所掀起的灰尘所覆盖，暗无天日。据仅有的影视资料观察，这块陨石的直径甚至超越远古时期毁灭了恐龙的陨石，人类的时代或许就此终结。在这样的咨询之下，世界人民一下子陷入了无秩序的恐慌与暴乱之中。然而，再次出乎意料得，这原本将整个地球包裹得严实的灰尘仅仅过了3天便完全消失了，如同什么也没有发生一般。日本的史学家与科学家将这个事件称为 “天磐户三日”事件。
超越者：
在“天磐户三日”事件之后，在人类中以1/10000几率而出现的特殊人群，也就是俗称的超能力者。他们突然获得能够超越音速、或是操纵水、火的能力。然而，作为代价，他们要不时地受到名为『冲动』的宿业的折磨。
UGN：
9年前迅速建立起来的超越者事务组织。到了现在，已经成为世界性的组织，在各地拥有其支部。在其『现阶段尚不能公开超越者存在』的理念指导下，对世界性的超越者事件进行隐瞒与秘密处理。
里•东京都：以某位UGN超越者的能力为基础构建出的与东京都地形相同的处于另一个位面的世界，进出的方法与其秘密仅为UGN-JAPAN的高层所知晓，现用于作为日本超越者的收容与居住地，以此来将普通人与超越者分离的目的，借此向普通人掩盖超越者的存在。由最强的【固有结界】能力者所构建出的仿现实拟似空间，这个巨大空间的基本地形与东京都几乎如出一辙。然而为了满足不同目的的需求，这个空间的地貌却仿佛从世界各地拼凑起来一般——海洋、冰川、沙漠、岛屿、高原，各种与众不同的稀有地貌都被构成在了里东京都的都市外围。而位于这包围之间的，则是成为了里东京都居民活动与居住的主要区域的23个区。 以位于23个区中央的第13区块为中心，里东京都被构建成为了一个整体的学院都市。 以作为行政区块的13区向外延伸，23个区域有着不同的主题以及区域风格，对应不同等级学识有着不同的教学机构以及对应不同超能力的培训机构。除此之外，还建立了全方位的研究设施以及对应不同状况的实战训练场。而作为整个23个区代表的标志性建筑，则是位于13区中央的巨大而古式风格的时钟塔。时钟塔以华丽而大气的巴洛克风为主轴建成，高耸塔尖正好插入云霄之中。位于时钟塔正侧的则是一个巨大的机械钟表，以巨大的齿轮与摆钟为构架持续运转着，并在上午8时的上课时间、中午12点的午休时间、以及晚上4点的放课时间予以准点报时。
UGN与超越者：
UGN对里•东京都进行管理，同时负责处理与掩盖发生在外侧世界的超能力事件。对于新发现的超越者，UGN会将其送入里•东京都，并且在这点的执行上是态度强硬且不容拒绝的。对超越者的一切相关者进行记忆抹消处理，除非其愿意一起进入里•东京都生活。
FH：
由『超越者』构成的恐怖组织，其真实意图不明，现阶段的理念似乎为旨在『不计手段向普通人公开超越者存在的事实』。组织内收容了与UGN不容的各种超越者，行为作风繁杂多样且极端化，似乎并不存在系统的组织结构。
里•东京都13区：
东京都学园区块的最中心区域，建有大量富有特色与个性的教学楼以及社团用场所，同时，对整个学园区块进行管理的学生自治组织——学生会的办公地点也在这里。
学生会：
本着对超越者学生进行学生自治的个性化管理而建立的组织，负责处理学园上下大大小小各种事务，在学生相关的处理上有着与学园理事长同等程度的权利。其会长的选择方式不明，而其余成员职位大多由会长直接任命。
虚妄十三席：
隶属于UGN的对外超能力事务谍报组织，一共有十三名成员，但是除了首席外，其余成员之间彼此并不相识，同时只直接隶属于听令于首席的调派。在对FH谍报事务上，时常可以看见他们活跃的踪迹，但是却无法抓住其实影。
鸦：
仅仅出现在传言之中的暗杀者，没有人知道其正体，早在“天磐户三日”事件之前，这名号便已经广为流传，成为地下世界的恐惧。被鸦盯上的目标，不论是普通人，是权力者，还是强大的超越者，没有任何人能幸免于暗杀之下。然而，其接任务的标准与接任务的联系方式都无人知晓。有目击者声称它是一名中年男子，也有目击者声称它是一名娇小的少女；有目击者声称它是一名枪法精准的达人，又有目击者声称它是一名拥有神秘力量的超能力者。然而，没有任何人能明确地描述出一个可信的外貌，鸦的真身依旧处于迷雾之中。
